Se estima que tanto la flora como la fauna no son originarias de las islas, sino que fueron transportadas desde el continente. Semillas o esporas que han pasado de una isla a otra han originado especies enteramente nuevas donde se ha repetido el proceso de evolución.
Muchas semillas han llegado traídas por el viento, navegando sobre masas de vegetación o transportadas en los vuelos migratorios de las aves. Todas estas especies, lo mismo que las zoológicas, han realizado el proceso de "adaptación al ambiente" como lo demostró Darwin. Las isla bajas son desérticas debido a la baja humedad del ambiente y a la falta de lluvias. En cambio, las que son más elevadas reciben lloviznas y aguaceros. En la zona seca, entre rocas desnudas se observan plantas raquíticas o espinosas de flores pequeñas. Es la zona de los cactus, de los palos santos, algarrobas y líquenes.
Cuando cae lluvia la región reverdece inmediatamente pero ello es efímero. En la zona húmeda baja crecen grandes helechos y otras variedades siempre verdes (matasanos, uñas de gato, rodillas de caballos, etc.). En la zona húmeda alta (entre 200 y 500 mts. de altura) crecen el guayabillo, pasiflora, cafetillo, musgos, hongos, huicundos. Abunda el árbol de la guayaba u otras especies del páramo andino. Se han sembrado cítricos que se desarrollan en forma exuberante, lo mismo que hortalizas, maíz y papa. Lo interesante es que cada isla tiene sus propias plantas endémicas, lo mismo que su propia fauna. Los suelos favorables para la agricultura sin reducidos (10% de la superficie total).
